貨運倉儲管理對于許多航空物流公司來說也是很重要的一個環節，上海航空物流公司的航空物流倉儲公司的倉儲管理的內容應該包括三個部分：倉儲系統的布局設計、庫存控制、倉儲作業操作，而這三個層面的問題，彼此又有聯系。

　　航空貨運站倉庫

　　航空物流公司的倉儲系統布局是頂層設計，也是供應鏈設計的核心。現在，很多航空物流倉儲公司都想要把一個復雜紛亂的物流系統通過樞紐的布局設計改造成為“干線運輸+區域配送”的模式，那么樞紐就是以倉庫為基地的配送中心。

　　上海航空物流公司在相應的信息系統設計中，倉儲管理常表現為“聯庫管理”模式，有集中式、分布式和混合式三種，其中配送中心的選擇和設計是整個系統布局的關鍵。

　　庫存控制部分是確定倉庫的商業模式的，即要根據上一層設計的要求確定本倉庫的管理模式和目標，如果是供應鏈上的一個執行環節，是成本中心，多以服務質量、運營成本為控制目標，追求合理庫存甚至零庫存。

　　上海航空物流公司是獨立核算的利潤中心，也是完全不同的目標和管理模式，除了服務質量、運行成本外，更關心利潤的核算，因此計費系統和客戶關系管理成為其中極其重要的組成部分，因為在計費系統中固化了市場營銷的戰略和策略。

　　倉儲作業的操作是基礎部分，也是所有倉庫管理系統中的共性部分，正因為如此，航空物流公司的倉儲作業的操作信息化部分成為倉庫管理系統與其他管理軟件如進銷存、ERP等相區別的標志。上海航空物流公司不僅要根據上一層確定的控制目標和管理模式落實為操作流程，還要與眾多的專用倉儲設備自動控制系統相銜接，所以在技術上十分復雜部分，航空物流倉儲公司指出，這也是國內外倉儲軟件的一大差距之一。